A Kovalcsik Éva vezette büntetőtanács, súlyosbítva a megismételt eljárásban hozott első fokú ítéletet, az elsőrendű vádlott B. Andrást 5 millió, társát, H. Tibort 2 millió forint pénzbírságra ítélte. Egyebekben a bíróság helyben hagyta az elsőfokú ítéletet, így a Szegedi Paprika Zrt.-nek mint jogi személynek 15 millió forint bírságot kell megfizetnie.

A vádlottakat az első fokú bíróság folytatólagosan, társtettesként elkövetett ártalmas közfogyasztási cikkel visszaélés bűntettében, valamint fogyasztó megtévesztésének vétségében mondta ki bűnösnek. Harmadik társuk 2013 júniusában elhunyt, így ellene megszűnt az eljárás.

Az indoklás szerint az elsőfokú bíróság az eljárási szabályokat betartva, megfelelően járt el. Helyt adott viszont a törvényszék az ügyészség súlyosbítási kérelmének, és ezért emelte meg a pénzbírságot 600 ezerről 5 millióra, illetve 200 ezerről 2 millió forintra. Az indoklásban elhangzott: ténykérdés, hogy a cég paprikaőrleménye nagy mértékben tartalmazott toxikus anyagokat, emiatt nem lett volna szabad forgalomba hozni.

Az ügy tárgyalása 2007. február 7-én kezdődött. A vád szerint az ausztriai székhelyű Kotányi Kft. 2004 májusában jelezte a Szegedi Paprika Zrt.-nek, hogy az általa kiszállított áru aflatoxin-tartalma meghaladja a korábban megszabott 5 mikrogramm/kilogramm határértéket. A reklamációt a zrt. jogosnak találta, ezért visszavette a húsz tonna paprikát.

A visszavásárolt, kifogásolt árut azonban később ismét eladta: több mint három és fél tonnát belföldi csemegeőrleményként értékesített, másik részét pedig ötvenszázalékos úgynevezett higított fűszerpaprika-őrleményként visszaszállították az osztrák cégnek.