A jogszabály szerint "az OGYTT tevékenységének célja a támogatáspolitikai átalakítások folyamatának koordinálása, illetve a gyógyszer-támogatási rendszer felülvizsgálatának elősegítése". Az OGYTT feladata lesz az egységes országos kórházi gyógyszeralaplista kialakítása és folyamatos karbantartása, az országos kórházi gyógyszer-közbeszerzések szakmai előkészítése és értékelése, az országos kórházi gyógyszerfelhasználás és -beszerzés szakmai és gazdasági szempontú elemzése és értékelése; javaslattétel az esetleges hiányosságok kiküszöbölésére és az indokolatlannak minősített beszerzések és felhasználások csökkentésére.

Szintén az új testület feladata lesz a helyes terápiás gyakorlatokra vonatkozó szabályok, illetve a gyógyszerrendelés ösztönzéséről szóló jogszabályban foglaltak alapján az új gyógyszerterápiás eljárások kórházon belüli bevezetésének és szakszerűségének véleményezése, valamint az új gyógyszerterápiás eljárások gyógyszerszükségletének meghatározása, továbbá a biológiai gyógyszerek csoportjainak kialakítására vonatkozó javaslatok kidolgozása. Az OGYTT működési feltételeiről a Gyógyszerészeti és Egészségügyi Minőség- és Szervezetfejlesztési Intézet gondoskodik.